Una breve nota sull’impiego dei feed RSS per seguire le ricerche in PubMed.
Ho fatto alcune semplici ricerche con termini banali, quali “juggling” o “cancer” o “mri” (acronimo che vuol dire magnetic resonance imaging). Vediamo quest’ultimo.
Una volta avuta la risposta, sotto il box di ricerca, compare anche un link “RSS” contrassegnato dal solito simbolo. Se lo cliccate avete l’opportunità di costruire un feed per quella ricerca.
Aggiornamento 22 marzo. Un aspetto particolarmente interessante della vita cyberspaziale è che ti può capitare di seminare il fagiolo magico: la sera butti un umile seme e il giorno dopo trovi un pianta ricca e prosperosa. È successo qui con l’interessante e insperata testimonianza di Claude, che lei ci ha potuto regalare perché è quasi tre anni più grande di me …
L’edificio monumentale che ospita la Biblioteca Nazionale Centrale a Firenze rappresenta bene l’importanza che si dovrebbe dare ai luoghi dove si sono conservate le tracce della cultura umana. La più grande biblioteca italiana, in Firenze, la culla del rinascimento. Un bel simbolo che ci deve stare molto a cuore, anche nell’epoca in cui le sorgenti si consolidano paradossalmente dematerializzandosi e pervadendo gli illimitati spazi digitali. Persone non troppo più anziane del sottoscritto hanno iniziato il loro lavoro dedicando molte lunghe giornate a frequentare questi luoghi, leggendo e prendendo appunti. Un lavoro molto lento e molto faticoso ma non per questo meno proficuo. Forse non è male ricordarsi quello che un tempo si doveva fare per forza, anche oggi, dove in pochi millisecondi si accede a ciò che allora richiedeva una settimana, dove con un click si trasferisce un’opera monumentale in un lettore da due etti. È bene non dimenticare che il nostro cervello va sempre alla stessa velocità…
Rimando a domani il Daily che avevo preparato oggi perché stasera mi hanno raccontato questa storia. Una coppia sta per adottare un bambino di un altro paese, come si sa dopo un lungo e tormentato percorso. Pare che il bambino abbia una malattia metabolica. Comprensibilmente, i futuri genitori desiderano informarsi per organizzarsi al meglio, e come primo passo decidono di andare dal medico di famiglia. Questo li informa di non conoscere la malattia e di rivolgersi a un pediatra.
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Nell’Assignment 6: letteratura scientifica 3 abbiamo fatto delle ricerche in PubMed e abbiamo visto come si puà presentare un articolo in formato testo navigabile, ma ci siamo resi conto che solo di una parte minore degli articoli è disponibile il testo integrale.
Nel video che segue si mostra come appare un articolo scaricato in formato pdf e come si fa ad utilizzare il proxy della rete universitaria in modo da poter accedere anche dall’esterno ai periodici per i quali l’Ateneo ha acquistato l’abbonamento.
Guarda il video e trova i link utili …
Con il video seguente mostro una ricerca per autore in PubMed. Altre cose che si vedono: la struttura di una citazione secondo le consuetudini della letteratura scientifica, un paio di abstract, elemento essenziale di qualsiasi paper, la questione della disponibilità o meno del full text, il costo degli articoli, disponibilità del free text, la menzione dell’open access, ancora qualcosa sulla struttura generale di un paper mediante un esempio, la bibliografia.
Non trovando il tempo per confezionare sottotitoli (lo farò successivamente ma non posso frenare il percorso per questo) ho posto una traccia approssimativa sotto il video qui sotto. Alcuni degli elementi citati in questo video sono sviluppati nel prossimo che arriverà.
Guarda il video …
Penso che questo post interessi primariamente gli studenti di medicina, anche se è un ottimo esempio delle straordinarie risorse disponibili oggi nel cyberspazio che ci consentirà di enfatizzare aspetti più generali.
Dopo aver letto il post precedente sull’argomento, Assignment 6: letteratura scientifica 1, dovrebbe esser chiaro che nessun “operatore del settore” possa esimersi dal confrontarsi con la letteratura pertinente, a prescindere che sia un ricercatore, un medico di qualsiasi specialità e direi anche altri operatori della sanità.
Proietto scampoli di vita d’aula qui nel cyberspazio. Là rimangono circoscritti nella memoria di pochi, qua volano chissà dove. Non tanti ma qualcuno capita in quelle sei ore settimanali di happening informatico. Una dozzina per volta, più o meno. Rispondo, quando posso. Quando non posso, prometto di rispondere dopo essermi documentato. Estrapolo fatti generali da domande specifiche, tutte le volte che ci riesco, pronto a tuffarmi in ogni fuori tema succoso che mi capiti a tiro.
Finalmente posso dedicarmi a preparare un po’ di materiale didattico nello stile delle Open Educational Resources.
Questo è un tutorial per imparare a muovere i primi passi in PubMed, il database della letteratura biomedica che raccoglie le citazioni di più di 20 milioni di articoli pubblicati su circa 5000 riviste specializzate.
Un tempo la conoscenza era mantenuta in luoghi determinati, era accessibile con modalità determinate e in tempi determinati. La conoscenza era gestibile in un regime di scarsità e quindi costava.
Oggi la conoscenza è diventata liquida: risiede in rete dove è sempre accessibile a chiunque a costi pressocché nulli.
Sono innumerevoli le risorse disponibili per qualsiasi professione e quindi anche per le professioni attinenti alla medicina.
Leggendo i vostri contributi relativi all’assignment 5 (ricerche con PubMed) mi pare che in molti casi ci sia un atteggiamento del tipo: “Oh, vediamo come funziona questo motore di ricerca …”
Forse mi sbaglio ma, poiché la questione è molto importante per chiunque si dedichi a qualsiasi tipo di professione nell’ambito medico, richiamo la vostra attenzione sull’articolo che avevo indicato nelle pagine wiki e che riporto qui per esteso. Va studiato.
Quando dico qualsiasi professione intendo anche il medico di famiglia perché oggi la conoscenza medica, come tutte le altre forme di conoscenza, è in tumultuoso sviluppo e il medico ha il dovere di non omettere niente. Si veda in proposito il concetto di Evidence Based Medicine nell’articolo qui sotto.
I fondamenti essenziali della conoscenza scientifica, introdotti con chiarezza da Galileo Galilei, implicano l’uso di un linguaggio non ambiguo per descrivere i fatti della natura e di uno strumento per porre domande alla natura.
Il linguaggio usato per descrivere i sistemi e i fenomeni naturali deve essere universale al fine di garantire la trasmissibilità della conoscenza al riparo da qualsiasi valutazione soggettiva. Il linguaggio idoneo è quello matematico. Purtroppo la scuola non insegna la matematica in modo che le persone la percepiscano come un linguaggio ma questo è un problema che, seppur di grandissima importanza, esula da queste considerazioni. La concezione della matematica come linguaggio consente di applicarla con correttezza, di comprendere quando il contesto non consente di utilizzarla utilmente, di evitare di utilizzarla per dare una falsa impressione di scientificità. Andate a leggere le considerazioni sul valore del contesto in proposito.
Noi descriviamo il mondo mediante delle spiegazioni che chiamiamo teorie. Appena concepite, le teorie possono essere tutte vere o false. Il buon ricercatore è spregiudicato nel pensiero e privo di pregiudizi. L’unico mezzo che ha a disposizione per giudicare della verità delle teorie è l’esperimento ma attenzione:
Il risultato positivo di un esperimento non dimostra la verità di una teoria bensì la conferma solamente
Le due cose sono molto diverse. Chi non capisce questo fatto stia ben lontano dalla ricerca ma forse anche dalla professione del medico e anche da tutte le attività che pongono l’uomo di fronte agli enigmi della natura. Per capire bene questo concetto bisogna chiarire che
Il ricercatore di valore è sempre pronto a rivedere la propria visione se il contesto lo impone. A dire il vero, il fatto è molto più generale, anche l’uomo di valore è sempre pronto a rivedere la propria visione se il contesto lo impone.
Il mondo è tuttavia complesso e pieno di trabocchetti. Come occorre giudizio per impiegare correttamente il linguaggio matematico, occorre giudizio nella formulazione e esecuzione degli esperimenti. In altre parole, le domande devono essere poste in maniera corretta alla natura. Spesso non è affatto semplice.
Tecnicamente, si usa dire che l’esperimento deve essere condotto in condizioni controllate di modo che chiunque altro lo possa ripetere. Vi sono tuttavia contesti nei quali è difficile eseguire correttamente un esperimento, data l’intrinseca complessità della materia. La sperimentazione in ambito clinico è un esempio di questo tipo. Sperimentazione clinica è la traduzione del termine “clinical trial” secondo la voce ripresa dal “Dizionario Enciclopedico Zanichelli di Scienze Mediche e Biologiche e di Biotecnologie” che riporto qui:
Studio clinico controllato in cui i risultati ottenuti in uno o piu’ gruppi di individui sottoposti a trattamento vengono confrontati con quelli di un gruppo di controllo o gruppo placebo, e in cui i soggetti sottoposti ad osservazione sono ignari del gruppo di cui fanno parte.
È molto difficile realizzare ed interpretare correttamente esperimenti di questo tipo. La cosiddetta letteratura scientifica ha costituito sino ad ora lo strumento principale di accreditamento dei risultati scientifici. Occorre porre la massima enfasi sul ruolo di tale letteratura in un epoca nella quale la grande facilità di accesso ad enormi quantità di informazioni può confondere le idee. Oggi è sufficiente porre un quesito qualsiasi in un motore di ricerca per avere a disposizione articoli di ogni genere. È tuttavia importante distinguere fra articoli apparsi nella letteratura scientifica vera e propria e altri tipi di scritti. Cosa distingue un articolo del genere? Il processo di revisione fra pari, ossia di “peer-review”. Le riviste cosiddette peer-reviewed, prima di pubblicare un articolo, lo inviano ad almeno due revisori esperti nella materia i quali, rimanendo anonimi, esprimono un parere tecnico sulla validità del lavoro proposto. L’editore della rivista, in base a questi pareri, decide se pubblicare senz’altro il lavoro (sulle riviste serie accade raramente), se subordinare la pubblicazione alla scrittura di una seconda versione con tutta una serie di variazioni proposte dai revisori o se rifiutare il lavoro. Si tratta di un processo spesso lungo e defatigante; non è raro che dalla prima spedizione di un articolo alla pubblicazione abbiano luogo più revisioni e che tutto questo processo richieda molti mesi od anche più di un anno.
Il processo di peer-review costituisce una delle principali garanzie della serietà di un lavoro ma non è certo perfetto. Il valore reale del lavoro scientifico emerge solo con la quantità delle verifiche e delle conseguenze che si confermano nel tempo. Non prendete gli articoli scientifici per oro colato. Sono state pubblicate anche bufale colossali su riviste molto serie. Nonostante la letteratura scientifica giochi un ruolo fondamentale nella diffusione e trasmissione della conoscenza scientifica, oggi presenta alcuni grossi problemi che è necessario conoscere.
La situazione sin qui descritta è quella classica nella quale il maggiore artefice della ricerca scentifica è stato il mondo accademico delle università e degli istituti di ricerca. Con il passare degli anni sono aumentate moltissimo le interazioni con il mondo delle aziende che impiegano le tecnologie derivate dalla conoscienza scientifica. Generalmente questo tipo di interazioni è visto come un bene in quanto le sperimentazioni oggi sono sempre più costose per i finanziamenti pubblici e quindi un apporto economico da parte delle industrie non poteva non costituire un elemento di grande interesse. È qui tuttavia che nasce il grande problema del conflitto di interessi. La partecipazione industriale (segnatamente di case farmaceutiche, in questo contesto) gioca oggi un ruolo fondamentale nel finanziamento della sperimentazione clinica. Poiché il risultato di una ricerca può avere conseguenze massiccie sugli esiti di vendita di un farmaco o su di una certa prassi clinica, emerge il problema dell’effettiva indipendenza dei ricercatori dalle organizzazioni che finanziano le loro ricerche. In effetti non si può non porre il problema di quanto un’industria farmacologica sia disposta a finanziare una costosa sperimentazione clinica i cui risultati, se pubblicati, possano influire in modo pesantemente negativo sulla vendita di un proprio prodotto.
Le pubblicazioni nella letteratura scientifica sono il prodotto fondamentale dei ricercatori, i quali vincono concorsi e adiscono a fondi di ricerca pubblici e privati nella misura in cui pubblicano. Una cosa abbastanza ovvia e sicuramente corretta ma con il progressivo scivolamento verso il mercato della ricerca, questa medaglia sta presentando un notevole rovescio: ogni pretesto è buono per pubblicare un lavoro in più. È una questione di sopravvivenza che si è esasperata da quando anche le risorse per reclutare nuovi ricercatori devono essere reperite dai ricercatori strutturati a suon di pubblicazioni.
Esiste senza dubbio un aspetto positivo perché la competizione dovrebbe stimolare l’attività e scoraggiare coloro che tendono a sedersi. Si creano tuttavia meccanismi abnormi che fanno proliferare la letteratura scientifica al di là del necessario che è una cosa molto dannosa: non solo esiste oggi il problema oggettivo del volume di letteratura causato dalle dimensioni dello scibile e dal suo ritmo di espansione ma ora abbiamo anche il problema di dover navigare in una quantità di articoli che non aggiungono nulla se non rumore che confonde e fa perdere tempo.
Anche la qualità della letteratura tende a scadere: la stragrande maggioranza delle pubblicazioni descrivono esperimenti coronati da successo o sono scritti in modo da enfatizzare il successo. Una cosa poco credibile e che riduce di molto il credito scientifico degli articoli. Quest’ultimo è un aspetto ulteriormente amplificato dalle questioni discusse prima a proposito del conflitto di interessi. Sfortunatamente è un fenomeno che affligge in notevole misura la letteratura scientifica medica.
C’è poi da menzionare la proliferazione degli autori. Sono relativamente rare le circostanze nelle quali una persona sola può firmare un articolo, oggi da soli si combina poco e, in certi settori, è semplicemente impossibile. Per esempio nella fisica delle particelle elementari, dove gli esperimenti sono condotti da team internazionali sui grandi acceleratori, gli articoli possono avere centinaia di autori. Anche in campo medico non si scherza. Non raramente, il meccanismo con il quale si include un autore non ha molto a che vedere con il suo reale contributo al lavoro. Si assiste talvolta ad una sorta di meccanismo di scambio dove gruppi più o meno collaboranti si firmano a vicenda i lavori: un metodo semplice per incrementare con poca fatica il proprio curriculum scientifico.
Oggi la conoscenza cresce ad un ritmo spaventoso. È stato stimato che ogni due anni raddoppia la quantità prodotta di nuova informazione tecnica (interessante in proposito il video Did you know? http://www.youtube.com/?v=xHWTLA8WecI). In ogni campo di ricerca i nuovi risultati si susseguono ad un ritmo frenetico. Il processo di peer-review è lento, ci sono articoli che vengono pubblicati un anno dopo la prima proposta. In moltissimi settori un anno è un tempo nel quale possono accadere moltissime cose e un articolo può essere obsoleto prima ancora che esso possa essere letto. Il ritmo di produzione di conoscenza e il numero sterminato di attori rende i ricercatori sempre più impazienti inducendoli a pubblicizzare subito i propri risultati: nel corso della gestazione del proprio articolo un altro ricercatore potrebbe pubblicizzare gli stessi risultati in qualche altra parte del mondo.
In ampi strati del mondo della ricerca è invalso l’uso di pubblicare in Internet i risultati prima che questi siano stati accettati da una rivista convenzionale. Sta anche crescendo il numero delle riviste che consentono di prepubblicare i testi in forma pre-review e che consentono l’accesso ai testi anche dopo che questi hanno superato il processo di peer-review. È nato così e sta crescendo rapidamente il mondo delle riviste Open Access.
Esiste anche un altro problema derivato dalla quantità e dalla velocità della produzione scientifica. Gli esperti di tutto il mondo ai quali vengono chieste le revisioni dei nuovi lavori in attesa di pubblicazione, i “pari” appunto, vengono scelti dalle redazioni delle riviste in base al loro prestigio scientifico. Succede che i leader dei grandi gruppi di ricerca devono affrontare un grande numero di richieste di revisione, talvolta così grande da indurli a cooptare i propri collaboratori più giovani nel processo di revisione assegnando a ciascuno di loro una parte dei lavori in base alle competenze specifiche. Queste sono tutte persone molto indaffarate e necessariamente sono costretti a revisionare i lavori in tempi brevi quando invece per fare una revisione seria può occorrere molto tempo. Succede che inevitabilmente, nella fretta, si tenda a privilegiare i lavori proposti dai gruppi di ricerca più importanti e sui filoni di ricerca altrettanto popolari. Il lavoro degli outsider rischia notevolmente di essere penalizzato. Si rischia cioè di penalizzare una caratteristica fondamentale del progresso scientifico: la serendipity, vale a dire le scoperte avvenute per caso. Questo è un effetto deteriore che rischia di soffocare l’innovazione invece di favorirla. Le persone che hanno svolto il lavoro di revisore ad un certo livello conoscono bene il problema.
Per questi motivi oggi c’è anche chi sostiene che, meglio di un processo di peer-reviewing con il quale si affida la revisione a due o tre esperti sarebbe un processo di selezione di massa basato sui principi di social networking. In questo modo funziona il sistema di diffusione di informazioni di scienza, tecnologia e informatica Digg (vedi la descrizione in Wikipedia) nel quale la qualità degli articoli è sancita dai lettori con un sistema di votazione.
La vastità della produzione scientifica, è un problema particolarmente sentito nel mondo medico perché si vorrebbe che un dottore di fronte al problema di un paziente fosse un grado di utilizzare il massimo della conoscenza prodotta dal mondo sino a quel momento. È per questo motivo che è nata la Evidence Based Medicine, un movimento culturale che cerca di favorire la diffusione dei risultati della letteratura scientifica medica e delle evidenze scientifiche, con l’obiettivo di impiegare in modo coscienzioso le migliori evidenze cliniche disponibili per prender le decisioni necessarie alla cura dei pazienti ed alla organizzazione dei servizi sanitari.
Sempre a causa della mole dei risultati è nato il concetto di lavoro di meta-analisi, cioè di lavoro che analizza e fonde insieme i risultati di tanti altri lavori al fine di massimizzare l’impatto di questa imponente mole sperimentale sparpagliata nel mondo. Una organizzazione non profit che sta svolgendo un’attività importante a riguardo è la Cochrane collaboration.
Concludiamo questa rapida escursione sul mondo della letteratura scientifica con le seguenti affermazioni.
Ultimissima conclusione: qualsiasi cosa si legga occorre senso critico, mai prendere niente per oro colato, certamente nei testi reperiti nel pubblico dominio ma nemmeno nella letteratura scientifica classica.
Abbiamo visto che la letteratura scentifica medica soffre di un certo numero di problemi, tuttavia offre anche un vantaggio: tutti i lavori scientifici di interesse medico che sono stati sottoposti a processo di peer-review sono riuniti in un insieme di database nei quali è possibile fare liberamente qualsiasi ricerca mediante un ottimo servizio di ricerca di voci bibliografiche: PubMed, offerto dalla U.S.National Library of Medicine.
È fondamentale che tutti gli studenti si abituino ad utilizzare questo strumento di ricerca. Potete utilizzare uno dei tanti ausili disponibili:
Leggete bene una o alcune delle precedenti risorse e poi giocate con PubMed divertendovi a porvi quesiti di ogni sorta.
Andreas Formiconi 